故事發(fā)生在不遠(yuǎn)的未來，海平面因?yàn)椴幻髟蚣彼偕仙?，大多?shù)地表都沉入了海中。小時(shí)候因?yàn)槭鹿识ヒ粭l腿的少年斑鳩夏生，厭倦了都市的生活，移居到了海邊的鄉(xiāng)村小鎮(zhèn)。曾經(jīng)身為海洋地質(zhì)學(xué)家的祖母留給他的，就只有船、潛水艇和一堆債務(wù)。
夏生為了取回“失去的未來”，與迷之討債人凱瑟琳一起，潛海前往據(jù)說保存著祖母遺產(chǎn)的海底倉庫。在那里，他遇到了一位沉睡在如同棺材一般裝置中的不可思議少女“亞托莉”。她是一位構(gòu)造精密到與人類別無二致，而又有豐富感情的機(jī)器人。從海底被打撈起來的亞托莉如是說到：“我想完成主人留給我的最后的命令。在此之前，我會(huì)成為夏生先生的腿！”
在一個(gè)逐漸沉入海中的平和小鎮(zhèn)，少年和機(jī)器人少女的難忘夏日就這么開始了。
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