海底小縱隊是一群活躍在海底的小小冒險家。小縱隊集結(jié)了皮醫(yī)生（企鵝）、生物學家謝靈通（海獺）、攝像師達西西（臘腸狗）、機械工程師突突兔（兔子）、小隊中尉呱唧（小貓）等7名伙伴，在核心成員巴克隊長（北極熊）的帶領下向著未知的海域不斷探索前進。在本次電影的探險中，一座火山突然噴發(fā)，突然喚醒了太平洋海底的幾百座火山組成的“火焰之環(huán)”，這一突發(fā)性事件迅速演變成了一場全球范圍的大災難。即將集體爆發(fā)的火山群時刻威脅著被海嘯沖上岸的角島鯨、生活在火山群島的帽帶企鵝、小縱隊維修站的設備、海洋農(nóng)莊里植物魚種下的糧食……更不用說那些常年居住在火山口的動植物們！海底小縱隊的成員們必須在太平洋海域分頭行動，分秒必爭，全力救助那些生活在火山周圍的奇異海洋生物們。
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