1962年，正值臺灣白色恐怖時期，當時中國國民黨領導的蔣中正政府以防止共產(chǎn)主義滲透等理由頒布臺灣省戒嚴令，路上舉目皆是反共標語，國民黨政府亦鼓勵人民告密檢舉匪諜，并嚴禁私自結(jié)黨。同時為了管制言論思想，中華民國政府將許多書籍列為禁書，禁書類別甚廣且認定標準不一，例如諾貝爾文學獎得主詩人泰戈爾的《飄鳥集》[注 1]即是其一。但在這樣的高壓環(huán)境下，仍有許多人在臺灣各個角落暗中舉辦讀書會，追尋自由。

臺風夜，翠華中學三年級的方芮欣在昏暗的教室醒來，在尋找張明暉老師的途中遇到了二年級的學弟魏仲廷，兩人走到校門口卻發(fā)現(xiàn)溪水暴漲，于是回到校園中繼續(xù)找尋張老師。但學校渺無人跡，校舍中貼滿了臺灣省政府查封的封條與臺灣喪葬的示喪紙“忌中”。他們發(fā)現(xiàn)事件并不單純，并逐漸想起過去所發(fā)生的悲劇。

翠華中學美術老師兼任輔導教師張明暉在校內(nèi)儲藏室創(chuàng)辦了讀書會閱讀禁書、成員包括音樂老師殷翠涵、學生魏仲廷等人。另一方面方芮欣因為家庭失和使學業(yè)成績受到影響，殷翠涵便引介她給張明暉，希望張明暉能輔導方芮欣走出低潮，孰料在密切的心理輔導之下，方芮欣與張明暉意外產(chǎn)生了師生戀，張明暉并親手做了一條白鹿項鏈贈與方芮欣。

一日早晨，方芮欣的母親李妙子懷疑丈夫方道勤有外遇，卻遭到方道勤家暴，情緒失控的李妙子不斷念佛，并向菩薩許下希望方道勤消失的愿望。方芮欣到校后，先前因壓力過大而在《校史》中的歷任校長肖像上涂鴉一事，被負責管理秩序兼任校園思想控制的軍訓教官白國鋒知道，白教官希望方芮欣不要給她即將升官的父親添麻煩，并表明有任何問題可以找教官商量。朝會升旗典禮時，教師黃又新因涉及“顛覆國家”罪嫌，被中華民國憲兵當眾拘捕，引起騷動，也使白教官對校內(nèi)所有老師展開調(diào)查。當晚，方芮欣與張明暉兩人在校外幽會，方芮欣在紙上畫出琴鍵，教他彈奏《雨夜花》。方芮欣返家后，發(fā)現(xiàn)父親遭憲兵隊逮捕，父親要方芮欣讓母親通知白教官，在他離開后，方芮欣才知道父親之所以被捕，正是因為母親的檢舉。

幾日后，殷翠涵注意到張明暉和方芮欣過從甚密，提醒他應該謹言慎行，以免讓方芮欣陷入危險，不久，張明暉就跟方芮欣提出分手，方芮欣因偷聽到殷翠涵與張明暉的對話，誤以為是殷翠涵對張明暉也有愛意，想要拆散自己跟張明暉。方芮欣一來希望白教官救回父親，二更希望“情敵”殷翠涵因閱讀禁書而遭校方解聘，便利用對自己有好感的魏仲廷，取得讀書會的證據(jù)并向白國鋒檢舉。白國鋒并未對方芮欣的要求有具體承諾，只說：“國家會感謝你的。”

臺灣警備總司令部派員到校，包括張明暉在內(nèi)的所有讀書會成員皆被拘捕，有的被處決，有的死于刑求，連借儲藏室鑰匙給讀書會的工友也被虐殺。張明暉在臨刑前囑咐魏仲廷要活下去，記住這一切有多得來不易，因為自由終會來臨。之后張明暉被依叛亂罪槍決，魏仲廷聽從建議，招供以保住性命；方芮欣則因愧疚難耐，在禮堂舞臺上自縊身亡，以死向枉死孤魂謝罪。開頭中的魏仲廷和方芮欣所在的翠華中學是處于陰間地府似的空間，充滿著陰間地府的鬼物；倆人其實是以靈魂的狀態(tài)困在此空間。恢復記憶，發(fā)現(xiàn)事實真相的方芮欣決定拯救被陰間鬼魂抓捕的魏仲廷，讓他重返陽間以讓在陽間監(jiān)獄里垂死的魏仲廷恢復生機。

多年后，魏仲廷因解嚴而赦免出獄，他克服了恐懼，到張明暉的墳上祭掃后“返校”，到即將拆除的翠華中學，將張明暉的絕筆信與定情之物白鹿項鏈，交給了方芮欣的靈魂，并向她表示他會永遠記得方芮欣。